目前我國為口蹄疫非疫區，107年7月1日起除了金門縣地區以外，臺灣本島、澎湖地區及馬祖地區偶蹄類動物停止施打口蹄疫疫苗，養豬業者違法施打口蹄疫疫苗將依動物傳染病防治條例第45條規定，處新臺幣3萬元以上15萬元以下罰鍰，另獸醫師違法施打疫苗將依動物傳染病防治條例第43條規定，處新臺幣5萬元以上100萬元以下罰鍰。