本處設置處長1名，副處長1名，秘書1名，技正2名，其下設有豬病防疫及病性鑑定組、草食動物及禽病防疫組、動物保護產業管理組、動物收容組、動物藥品管理組、動物保護稽查隊、獸醫及行政組、人事管理員及會計室。